黄药师的内功是九阳真经搭配碧海潮生曲，外练弹指神通内练心法。他年轻时在桃花岛跟欧阳锋学的降龙十八掌基础，后来融合了江南七怪教的奇门暗器，再学九阳真经内功才把招式练到化境。九阳真经的"小无相功"心法让他能化解各派武功，碧海潮生曲的音律内功又让他招式带音波震颤，这两样加起来才能解释他"琴剑合一"的绝学。

其实九阳真经在小说里出现七次，碧海潮生曲出现五次，而且九阳心法修炼要配合呼吸吐纳，碧海潮生曲需要配合古琴音律。黄药师二十岁前练降龙十八掌时经脉阻塞，直到学会九阳心法才打通任督二脉。后来他发现单靠内功不够，又跟江南七怪学暗器手法，把弹指神通和点穴手结合。关键是他把琴音融入内功，比如在《射雕英雄传》第三十六回里，他用碧海潮生曲音波震碎欧阳锋的蛤蟆功，这才是他内功真正的秘密。所以综合来看，九阳真经打基础，碧海潮生曲做升级，这才是黄药师内功的真相。