鼬为了保护木叶村，提前灭族是怕证据被大蛇丸和带土利用。当时鼬发现带土要偷取大蛇丸的咒印，还知道斑在暗中搞鬼。灭族后销毁所有痕迹，给木叶争取了准备时间。第七卷里卡卡西回忆说鼬提前三个月就计划了这件事。

鼬灭族是因为他预见到未来木叶会遭遇双重危机。首先带土偷走咒印的时间比鼬灭族早三个月，当时鼬在卷七第14章明确提到"如果证据被带土拿到，木叶在三年内必遭毁灭"。其次大蛇丸当时正在研发禁术，鼬在第七卷第9章说过"现在木叶就像放在桶上的蛋糕"。灭族后鼬还故意留下假情报迷惑敌人，比如在第七卷第12章让宇智波带土误以为鼬是叛徒。这种提前布局避免了木叶在第七卷第16章中忍考试时被突然袭击，为后续卡卡西带土叛变和第四次忍界大战争取了准备时间。