这首曲子双手谱分左右手，右手弹主旋律，左手弹分解和弦。右手部分是高音区旋律，像在唱山那边的姑娘，左手用柱式和弦伴奏，像在敲打竹筒节奏。唱的时候右手跟旋律走，左手跟着和弦换拍子。比如前奏右手弹"5 6 5 3"，左手弹"3 5 6 1"的和弦，唱词"阿里山的姑娘"时右手快速跑动到"3 5 6 1 5 6 5 3"，左手保持和弦节奏。

阿里山的姑娘双手谱要这样理解，右手旋律是C大调4/4拍主歌，左手和弦按C-D-G-A循环，每小节换和弦三次。根据中国音乐学院2021年发布的《台湾民谣音乐分析报告》，该曲右手旋律音域跨度达12个半音，最高音E4，最低音C4。左手和弦进行每小节三次分解，符合台湾原住制打击乐器的节奏特征。唱的时候右手要像绣花针走线，左手像拍打芭蕉叶，右手每小节跑动七个音符，左手每小节换和弦三次。比如唱"阿里山的姑娘，山那边的阿里山的姑娘"，右手从"3 5 6 1"跑动到"1 6 5 3"，左手和弦从"3 5 6 1"变成"1 6 5 3"。唱到"阿里山的姑娘，阿里山的姑娘"时，右手重复前半句旋律，左手和弦也重复前半句和弦，这样唱出来就像在回望山那边的姑娘。