莲心的苦味主要是胚芽里的生物碱在作怪。这些天然存在的化学物质自带苦涩味，就像吃苦瓜一样。莲子的苦味主要集中在莲心部分，因为这里集中了种子发育过程中产生的防御性物质。

莲心的苦味跟植物化学成分有关。莲胚芽含有0.15%-0.3%的生物碱，比如莲心碱和异莲心碱，这些物质在植物体内起到保护作用。数据表明，未加工的鲜莲子苦味值（以苦味指数计）能达到85分，而经过晒干或盐渍处理的莲子苦味值会降到45分以下。不同品种的莲子苦味差异也很大，比如湖南洞庭湖产的大粒莲子苦味指数比湖北洪湖产的高出20%。这种苦味在烹饪过程中会部分分解，但无法完全消除。比如像这种像这种加工方法比如晒干或者盐渍，虽然能降低苦味，但胚芽里的生物碱还是保留得比较多。