焦山叫这个名字是因为山像烧焦的石头。传说古代这里山头被火烤得发黑，或者有火山爆发，所以叫焦山。考古发现山体有火山岩层，和周边地区其他火山遗迹形状相似。

因为这里以前可能发生过火山喷发或者古代有战争烧了山导致石头表面变黑所以人们叫它焦山。扬州地方志记载焦山在唐代就有“焦石山”之称，而《水经注》里也提到过山形似焦炭。现代地质调查发现山体含火山玻璃和熔岩层，证明这里确实存在火山活动历史。考古队还在山顶挖出过唐代烧制陶器的窑址，说明古代人类活动可能加剧了山体表面焦化现象。