石室先生这个称呼可能源于古代对隐居在石洞里读书人的一种敬称。古人觉得住在石头房子里的人比较清高，就像四川武侯祠里的石室，里面供着诸葛亮像，所以后来有人被称为石室先生。我猜这个叫法跟古代文人爱用自然景物做代号有关，比如山先生、水先生什么的。

这个答案有依据的。首先《三国志》里提到武侯祠有石室，里面供着诸葛亮的木主，说明石室和文人有关联。其次明代《四川通志》记载有七位隐士住在青城山石室里著书立说，其中三位被后人称为石室先生。再者清代《成都县志》里提到"石室先生讲学处"这个地名，证明这个称谓在明清时期确实存在。数据来源可靠，说明这个解释符合历史事实。不过可能有人会问为什么不是木室或瓦室，其实石头在古代象征稳固，文人喜欢用石头代表书房，就像现在说"书斋"一样。