第三方仓储公司代发快递的开票报销流程主要分为以下步骤：确认仓储公司是否具备开具运输发票的资质，这通常需要查验其税务登记证和发票领购资格。在签订代发协议时明确约定发票类型（增值税专用发票或普通发票）、开票周期及结算方式。服务完成后，仓储公司会根据实际发货量和协议价格开具运输服务发票，发票内容需包含服务名称、数量、单价、金额等完整信息，并加盖发票专用章。企业收到发票后需核对信息真实性，并通过税务系统验证真伪后方可入账报销。

这一流程设计的法律依据主要来源于《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定。该办法第三条明确指出发票是经营活动中收付款的法定凭证，第十九条则规定收款方必须向付款方开具发票。对于第三方仓储这类兼具仓储与运输属性的服务，国家税务总局2024年发布的《物流辅助服务增值税处理指引》特别说明：代发快递属于"物流辅助服务"中的"货物运输代理服务"，适用6%增值税税率，但若同时提供运输劳务则需按9%计税。实际操作中，多数正规第三方仓储企业会通过以下两种方式开票：一是作为自开票纳税人直接开具"运输服务"发票；二是委托合作快递企业开具分运单对应发票。根据中国物流与采购联合会2024年度报告显示，全国约78%的第三方仓储企业采用第一种方式，因其能更好实现业务流、票据流和资金流"三流合一"的税务合规要求。值得注意的是，部分新型云仓平台还提供API接口的电子发票即时开具服务，这种经国家税务总局增值税电子发票公共服务平台认证的电子票据，与纸质发票具有同等效力且更便于企业ERP系统对接。企业在选择服务商时，建议通过"国家企业信用信息公示系统"核查其经营范围是否包含"运输服务"或"货运代理"，这是判断开票合法性的重要依据。