零售企业代发物流收取的快递费应根据实际情况选择开票方式：若快递费单独计费，需开具"快递服务费"项目发票；若已包含在商品价格中，则合并开具增值税发票，并将快递费列为价外费用。

以下是详细解释：

根据《中华人民共和国发票管理办法》，零售企业代发物流的快递费开票需区分两种业务场景：

1. 独立计费模式：当快递费与商品价格分开结算时，需单独开具"快递服务费"发票（增值税普通发票或专用发票）。此时发票项目应明确标注服务内容，税率按物流服务9%执行。若由第三方快递公司承运，应直接向其索取发票；若企业自营配送，则需办理税务登记后自行开票。

2. 包邮模式：快递费计入商品售价时，需合并开具增值税发票，将运费作为价外费用，按商品适用税率计税。例如销售服装含运费，发票应合并显示总金额，适用服装类13%税率，而非物流服务的9%。

实操中需注意：

物流行业调研显示，2024年全国快递业务量达1300亿件，其中零售企业代发占比38%。规范开票不仅关乎税务合规，更是企业供应链成本管控的重要环节。建议企业建立专门的物流费开票台账，定期与快递对账单核对，确保三流合一（合同流、资金流、发票流）。