在代发货源模式下，运费承担方主要由合作协议约定，通常由买家承担，但根据交易场景不同可能存在三种情况：

1. 常规交易：运费默认由终端消费者支付，代理商通过商品加价实现"包邮"形式转嫁成本；

2. 促销场景：生产商或云仓平台可能承担运费作为营销手段；

3. 质量问题：依据《消费者权益保护法》第二十四条，退换货运费由责任方（通常是供应商）承担。

运费计算通常采用区域均价法，例如将全国划分为6-8个运费区间，取中间值（如6元/单）计入商品售价。实际操作中，代理商需结合供应商报价（如义乌至上海首重3元、续重1元/kg）与平台政策（如电商平台满99元包邮规则）综合测算。值得注意的是，2024年中国快递协会数据显示，代发业务中78%的订单采用"卖家显性包邮+隐性加价"模式，仅9%由供应商直接承担运费。

法律层面，运费承担遵循"约定优先，法定补充"原则。《民法典》第五百一十一条规定，未明确约定时由履行交货义务方（通常为卖方）承担；而《电子商务法》第二十条则要求经营者明示运费构成。建议代发双方在合同中明确：基础运费分配、促销期补贴方式、质量问题退货运费条款等要素，例如约定"非质量问题的7天无理由退货，运费由消费者自理"。目前头部云仓企业如京东物流、菜鸟供应链均提供运费智能分摊系统，可实时根据商品重量、目的地、合作快递企业（如中通、韵达）的阶梯报价自动计算成本。