抖音小店体验分确实会在90天后清零。这是基于抖音平台对商家体验分的考核周期设定，系统会以90天为周期对店铺的物流体验、商品体验和服务体验进行重新评估。

这个规则的设计初衷是为了确保商家持续提供优质的服务。抖音平台将90天作为考核周期，主要是考虑到电商行业的特性——消费者的反馈和商家的服务质量需要一定时间才能充分体现。根据抖音官方说明，体验分每天12点到13点更新，平台会剔除异常订单的影响，确保评分的公平性。90天清零机制意味着商家即使在某段时间表现不佳，也有机会通过后续优化重新获得高分。

从实际操作来看，商家可以利用这个规则进行策略调整。例如，当店铺体验分较低时，可以在清零后通过销售好评率高的商品快速提升分数。需要注意的是，不同行业的优质标准可能有所不同，商家可以在抖店后台的“商家体验分”页面查看具体行业的指标要求。

物流体验分作为体验分的重要组成部分，其提升方法也有一定技巧。对于远距离订单配送时间较长的问题，平台已更新物流分指标，商家可以通过优化仓储布局、选择高效物流合作伙伴等方式改善。根据行业数据，采用优质物流服务的商家，其物流体验分可获得最低90分的保护。

90天清零机制既是对商家的约束，也给予了改进的机会。商家应定期监控体验分变化，针对薄弱环节及时优化，以维持良好的店铺评分。