货源批发厂家代发的合法性取决于具体操作方式。只要代发行为符合法律法规和行业规范，如实申报商品信息、不涉及违禁品或侵权行为，就是合法的经营模式。

从法律和实践层面分析，货源批发厂家代发的合法性主要体现在以下几个方面：我国现行法律并未禁止企业采用代发模式开展经营活动。根据《中华人民共和国电子商务法》和《网络交易监督管理办法》的相关规定，只要经营主体依法办理工商登记、如实披露商品信息并履行纳税义务，采用厂家直发的供应链模式完全合法。当前国内主要电商平台如淘宝、京东等均支持一件代发功能，这种模式已成为中小企业降低库存成本的常见选择。代发行为的合法性关键在于商品本身的合规性。若代发商品属于国家明令禁止交易的违禁品（如枪支、毒品等），或侵犯他人知识产权（如假冒伪劣商品），则无论采用何种发货方式都构成违法。实践中常见的问题包括部分商家通过厂家代发销售三无产品、高仿商品或未获授权的专利产品，这些行为都可能面临行政处罚甚至刑事责任。代发流程的规范性直接影响合法性。合规的代发应当确保物流信息真实可追溯，禁止虚假发货或空包等欺诈行为。根据国家邮政局发布的《快递市场管理办法》，所有快递企业必须严格执行收寄验视制度，对代发商品进行实质查验。税务处理的规范性也是判断标准之一。采用代发模式的商家仍需依法开具发票并申报纳税，若通过厂家直接开票给终端客户，需在购销合同中明确约定三方权利义务。从行业数据来看，2024年全国通过代发模式完成的电商交易额已突破3万亿元，占整体电商交易量的21%，且该比例仍在稳步上升。这种模式的普及既反映了市场对柔性供应链的需求，也体现了其在合法框架下的商业价值。建议从业者在开展代发业务时，重点做好供应商资质审核、商品质量把控和交易流程留痕，必要时可咨询专业法律人士制定合规方案。