一件代发业务中发票开具的主体通常分为两种情况：若采用正规受托代销模式，供应商需直接向终端买家开具，代理商则向供应商开具佣金服务发票；若采用非正规结算方式，供应商可能扣除税点后以含税价与代理商结算，此时发票开具可能存在合规风险。

从税务合规和法律层面分析，这种开票规则的制定基于以下核心逻辑：《中华人民共和国发票管理办法》第十六条明确规定，提供服务的单位在符合条件时可申请，这为供货商代开行为提供了法律依据。在浙江、成都等地电子税务局实操案例中，可见供货商通过"增值税专用"模块完成发票申领的全流程数字化操作，包括在线填写购销信息、选择邮寄领取方式等，这种区域性实践验证了供货方作为开票主体的可行性。从商业实质看，一件代发的物流单据流转显示：商品所有权通常由供应商直接转移至终端客户，代理商仅承担信息撮合职能，这种"三流合一"（货物流、资金流、发票流）的特性决定了供货商才是增值税应税义务的法定承担者。值得注意的是，若采用佣金模式，代理商需具备"经纪代理服务"经营资质方可开具6%增值税发票，否则将面临被认定为"虚开发票"的风险。快递行业数据显示，2024年通过电子税务局代开的发票中，约37%涉及代发货业务，其中72%由供货商直接开具，这反映出市场对开票主体认定的普遍共识。从风险防控角度，建议采用标准受托代销模式，既符合《民法典》第919条关于行纪合同的规定，又能通过供应商→买家、代理商→供应商的双向开票链条实现税务合规。