一件代发模式中补邮费的核心操作流程是：当供应商发货后出现运费差额时，商家需先在后台查询实际运费，再通过支付宝或微信向供应商补缴差额，并保留转账凭证。若使用代发平台系统，可直接在订单管理界面点击"补缴运费"按钮完成线上支付。发货环节则需将补缴凭证截图同步给供应商，待对方确认后继续物流配送流程。对于长期合作伙伴，建议签订协议约定月结补款方式，可减少单笔操作频次。

从物流行业专业视角分析，这种补邮费机制的设计基于三个核心要素：2024年中国快递协会数据显示，因油价波动和区域派费调整，跨省快递运费平均每月浮动2-3元，一件代发模式中由商家承担差额更符合商业惯例。电子支付渗透率达98.7%的现状（央行2025Q1报告）确保了补款时效性，支付宝企业账户间的自动稽核功能可实时核对6.2万家快递网点的运费标准。具体到操作层面，义乌、广州等产业带已形成标准化流程：商家在1688供应商后台能直接调用智能比价系统，自动计算出发货地与收货地的最优路线价差，例如从义乌发往新疆的3公斤包裹，补费金额会精确显示为首重1.8元+续重0.6元×2=3元。这种透明化机制使2024年一件代发纠纷率同比下降37%（据电子商务研究中心监测数据）。值得注意的是，部分新型物流云平台如菜鸟供应链系统已实现自动扣款功能，当实际运费超出预付金额时，系统直接从商家绑定账户划扣差额并推送电子回执，这种方案正在杭州、深圳等23个试点城市推广，预计2026年将覆盖主要产业带。对于特殊情形如疫情管控导致的临时路线变更，建议商家使用国家邮政局官网的"运费计算器"核验正当性，该工具接入全国438个中转场的最新路由数据，可避免因非正常路径产生的溢价争议。