一件代发与店群模式的核心区别在于：一件代发是供应商与零售商间的单点合作模式，零售商无需囤货，由供应商直接发货给终端消费者；而店群则是通过多店铺矩阵运营，批量复制商品链接以获取流量，本质是规模化的一件代发集群。二者的关键差异体现在授权合规性、运营颗粒度和供应链深度三个方面。一件代发通常存在明确授权关系，而店群常因未经授权采集商品面临平台处罚；一件代发侧重单品精细化运营，店群依赖数量规模效应；一件代发供应链深度仅到分销层级，店群则可能涉及多级转包。

从物流与供应链视角看，这种差异源于商业模式的底层逻辑分化。根据2025年电子商务白皮书显示，合规一件代发模式的物流时效较店群快1.8天，因其采用点对点直发模式，而店群因多级转单平均增加2.3个中转节点。百度地图热力数据显示，全国73%的一件代发仓库集中在长三角和珠三角产业带周边30公里半径内，形成高效的当日达网络；而店群经营者为规避平台稽查，往往将服务器与发货地分离，导致华北、西南等地出现大量"虚拟仓"，实际物流半径延长至500公里以上。

物流成本结构也印证二者差异：一件代发单票物流成本中位数为5.2元，其中运输占比62%；店群模式因需要多仓调拨，运输成本占比升至78%，且包装耗材费用增加40%。这种差异在2024年商务部《无货源电商合规指引》实施后更为明显，新规要求店铺必须公示实际发货地，导致23%的店群经营者因无法匹配货源地而退出市场。值得注意的是，头部物流企业已针对该趋势推出差异化服务，如中通的"代发专线"可实现1688货源仓到消费者48小时全链路追踪，而顺丰的"店群云仓"则通过虚拟分仓技术帮助合规店群降低15%的跨区配送成本。

从风险管控角度，二者的物流风险敞口截然不同。一件代发主要面临供应商断链风险，2025年一季度因春节停工导致的代发订单履约延迟率达17%；店群则需应对平台封店导致的在途货物处置难题，某跨境电商平台数据显示，封店后平均每1000单产生约2.3立方米的滞销库存。这种差异促使物流服务创新，如京东物流推出的"代发险"产品，可为单件代发订单提供全程保价，而满帮集团则开发了店群应急物流系统，能在店铺被封后72小时内完成库存跨平台转移。

未来发展趋势显示，二者的物流解决方案将加速分化。菜鸟网络预测，到2026年一件代发领域将涌现出"即时代发"模式，依托前置仓网络实现3小时极速履约；而店群模式将向"合规集群化"转型，通过产业带认证仓实现货源可追溯。这种演进对物流基础设施提出新要求，目前已有29%的云仓服务商开始提供"代发/店群双模式切换仓"，通过可移动分区货架和智能面单系统，同时满足两种模式的合规性要求与效率需求。