一件代发业务的税收计算主要涉及增值税和个人所得税两方面。对于增值税，若服务由个人提供则适用3%税率，附加税费为增值税的12%，还需缴纳1.5%的个税预征；若由物流公司提供，一般纳税人适用9%税率，小规模纳税人适用3%。个人所得税方面，代发收入若视为劳务报酬，每次收入不超过4000元可减除800元费用，超过4000元则减除20%费用后计算应纳税所得额。

一件代发税收计算之所以采用上述方式，主要基于以下法律依据和实务特点：《中华人民共和国增值税暂行条例》明确规定运输服务适用9%或3%的差异化税率，这解释了物流公司作为一般纳税人和小规模纳税人的税率差异。个人的3%税率及附加税费规定源于税务机关对自然人提供劳务的征管惯例，1.5%的个税预征率则是为了简化征管流程。在个人所得税方面，《个人所得税法实施条例》第八条将代发收入定性为劳务报酬所得，采用分级扣除方式既考虑了小额交易的税收优惠，又确保了大额收入的合理税负。值得注意的是，实务中一件代发业务具有服务与销售的双重属性：若认定为纯服务性质（如仅提供代发不拥有商品所有权），可适用6%税率；若涉及商品所有权转移则需按13%销售税率计税。这种差异要求企业在开展业务时需明确合同条款和业务实质，通过准确核算不同性质收入来实现合规纳税。对于跨境一件代发业务，还需考虑行邮税（通常为20%）或关税的影响，这取决于商品价值和目的地国的税收协定。税务机关建议小微企业采用核定征收方式（个体户年收入180万以内税负约1%，个独企业500万以内约2%）以降低合规成本，但需注意代收代付款项与营业收入的区分，避免税务风险。