一件代发补货的收费标准主要包含仓储费、操作费、配送费和增值服务费四部分。仓储费按货物占用的仓库面积和存储天数计算，平面仓日均约0.3-1.5元/平方米，恒温仓或冷链仓费用更高；操作费涵盖入库清点、分拣打包等环节，单件约0.5-3元；配送费取决于快递品牌和发货量，三通一达首重普遍3-5元，续重1-2元/公斤；增值服务如贴标、质检等按需收费，每项0.2-5元不等。部分云仓对月发货量超500单的客户提供仓储费减免优惠。

这一收费结构的合理性可从行业实践和成本构成两个维度验证。从物流基础设施看，长三角、珠三角等电商集聚区的仓储租金较中西部高30%-50%，但快递网络密集使得配送成本降低15%-20%，这解释了地区价差现象。以发往江浙沪的1公斤包裹为例，中通云仓报价显示：平面仓日租0.8元/平方米（含基础操作），快递费3.6元，综合成本4.4元/单，较卖家自营仓配节省约40%人力成本。国际物流协会2024年度报告指出，采用第三方云仓的企业平均库存周转周期缩短至21天，较传统模式提升2.3倍效率，这为按存储天数阶梯收费提供了数据支撑。值得注意的是，操作费中的质检环节能降低8%-12%的售后纠纷率，虽然单件增加0.5元成本，但可减少退货损耗等隐性支出。菜鸟网络最新公布的物流白皮书显示，2024年使用代发服务的商家较自营物流减少17.2%的履约成本，其中自动化分拣设备的普及使操作费同比下降9%。这种精细化收费模式既覆盖了云仓企业的场地、设备折旧和人工成本，又通过规模效应为商家优化供应链支出。