京东一件代发商品的收费主要分为两个部分：运费和代发服务费。运费根据商品品类、重量、体积、配送地址等因素计算，而代发服务费则由第三方供应商或代发平台收取，通常按订单金额的一定比例或固定费用计算。具体收费标准可以参考京东自营商品运费规则和第三方卖家商品运费规则。

京东一件代发商品的收费模式之所以如此设计，主要基于物流成本、市场供需关系以及平台规则等多方面因素。京东自营商品的运费规则会根据商品的重量和体积进行综合计算，以确保物流资源的合理分配。例如，大件商品如冰箱、洗衣机的运费为50元/件，中件商品如微波炉、饮水机的运费为30元/件，而小件商品的运费则为8元/件。京东超市自营秒送订单还会根据配送距离、重量和时段收取额外费用，如基础运费5元，距离每增加1公里加收1-2元不等，夜间配送时段可能加收2-4元。

对于第三方卖家的一件代发商品，运费规则可能有所不同，具体取决于供应商设定的标准。部分供应商可能提供包邮服务，而另一些则根据实际物流成本收取运费。代发服务费通常由供应商或代发平台决定，可能是订单金额的5%-10%，或按固定金额收取。例如，店管家分销代发平台提供自动化订单处理和运单回传服务，以提高效率并减少人工干预，但其具体收费标准需根据合作模式确定。

从物流行业的角度来看，一件代发的收费模式旨在平衡供应链各环节的成本与利润。京东的运费计算逻辑（首重+续重）在行业内较为常见，确保物流服务的可持续性。代发服务费的设定则反映了第三方供应商在仓储、分拣、打包等环节的投入。这种分层收费模式有助于优化物流资源配置，同时为商家和消费者提供灵活的配送选择。