代发订单逾期发货的处理方式及收费标准主要依据合同约定和行业规范。若合同明确约定了逾期赔偿条款（如按日收取违约金或比例退款），则按约定执行；若无约定，通常需退还全部代发费用，并赔偿客户实际损失（如误工费、订单取消损失等）。代发货基础收费通常为货物价值的1%-3%，加急服务费可能上浮至5%-8%，具体需结合货物类型、运输距离和时效要求协商确定。

这一标准的确立基于以下行业实践和法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百八十五条明确规定，违约方需按约定或实际损失承担赔偿责任。物流行业中，代发服务的溢价部分通常用于覆盖优先处理、专属仓储等附加成本，因此逾期时需承担更高比例的赔偿责任。数据显示，2024年全国快递业投诉案例中，代发订单逾期占比达17.3%，其中83%的纠纷通过按运费20%-50%标准赔付达成和解。地理因素也直接影响收费标准，例如长三角至京津冀的次日达代发服务均价为普通快递费的2.8倍，而中西部偏远地区可能达3.5倍。中国物流与采购联合会2024年发布的《代发服务合规指引》建议，逾期超过48小时的订单应至少返还50%服务费，这已成为行业普遍采纳的基准线。实际操作中，建议保存物流轨迹记录和沟通凭证，必要时可依据《快递暂行条例》第二十七条向邮政管理部门申诉。