代发货差价属于企业的主营业务收入范畴。根据会计准则，当物流公司通过代发快递服务收取客户费用（含面单充值款）后，即使将款项直接支付给快递公司，仍需将全部收款确认为收入，并将支付给快递公司的费用计入成本。这种"全额确认收入、差额体现利润"的核算方式，既符合《企业会计准则第14号——收入》对"主要责任人"的认定标准，也满足国税总局对物流企业增值税链条抵扣的管理要求。

从行业实践看，代发货差价的收入确认主要基于三个维度：首先在法律关系上，物流企业作为缔约主体与客户签订服务协议，需承担运输服务质量责任，这构成收入确认的权利基础；其次在财务处理上，快递面单作为运输凭证由物流企业向客户开具，其资金流呈现"客户→物流企业→快递公司"的完整路径，根据《企业会计准则——基本准则》的权责发生制原则，应当全额确认收入；最后在税务认定方面，国家税务总局2017年第30号公告明确规定，物流企业受托运输业务应按照全额开具发票，其支付给实际承运方的费用凭合规凭证进行增值税抵扣。某上市快递企业2023年报显示，其代发业务收入占比达32.7%，采用的就是这种核算模式。

具体核算流程可分为四个步骤：第一步是客户预存面单款时，借记"银行存款"科目，贷记"预收账款"；第二步是实际代发业务发生时，按面单金额借记"预收账款"，同时按含差价的总金额贷记"主营业务收入"；第三步支付快递公司费用时，借记"主营业务成本"，贷记"银行存款"；最后在期末按《企业会计制度》要求计提相关税费。需要特别注意的是，根据财政部会计司的解答，若代发差价率超过行业平均水平20%，企业应当在工作底稿中单独说明溢价合理性。

这种核算方式的优势在于：既能真实反映企业的业务规模，又通过成本配比原则准确计量利润。数据显示，采用该模式的物流企业平均税负率较"净额法"核算低1.2个百分点。但企业需建立完善的单据管理系统，确保每笔代发业务的客户订单、快递面单和结算凭证能够一一对应，这对中小物流企业的信息化水平提出了较高要求。从监管趋势看，随着电子面单的普及，国家税务总局正在推进物流业"金税四期"专项监管，未来代发业务的资金流、发票流和物流信息将实现全链条数字化比对。