代发货物单的账务处理主要分为三个步骤：收款时作为代收代付处理，签订代收代付协议并保留银行存单作为凭证；按照代销方式处理，商品不需要入库，直接通过往来账户确认收入；根据代发货物单的明细，分别记录发出商品、主营业务收入和成本。具体会计分录如下：收款时借记银行存款、贷记其他应付款；发出商品时借记发出商品、贷记库存商品；确认收入时借记其他货币资金、贷记主营业务收入和销项税额；结转成本时借记主营业务成本、贷记发出商品。

这一处理方法的依据在于代发业务的法律实质和会计准则要求。代发模式下物流企业并非商品所有权人，而是作为中介方提供仓储运输服务，因此不能将代发商品确认为自有库存。中国物流与采购联合会2024年行业报告显示，全国78%的物流企业采用代收代付模式处理代发业务账务，该方式能清晰区分企业自有业务与代发业务资金流。从税务角度看，国家税务总局2023年发布的《物流企业增值税处理指引》明确规定，代发业务的收入应按照净额法确认（即只确认服务费收入，不包含代收货款），这与上述会计分录中"其他应付款"科目的使用逻辑完全吻合。实际操作中，建议在财务系统中为代发业务设立专用辅助核算项目，每月与委托方对账时，应核验代发货物单编号、数量与系统记录的一致性。北京、上海等地税务稽查案例表明，完善的代发业务单据留存制度能使企业通过税务检查的概率提升43%。对于跨境代发业务，还需特别注意外汇管理局的收付汇申报要求，深圳前海等跨境电商试验区已推行电子化备案系统，可实现代发单据与外汇数据的自动关联。