代发货物运输费用是否计入成本，需根据交易实质判断：若为代垫性质（由客户最终承担）则计入应收账款；若构成销售必要支出则计入销售费用；若属运输企业主营业务则计入主营业务成本。具体会计处理需结合合同条款及控制权转移时点确定。

以下从会计准则、业务场景、税务处理三个维度展开分析：

一、会计准则依据

根据《企业会计准则第14号——收入》应用指南，运输费用是否资本化需判断其是否使存货达到可使用状态。采购环节的运输费通常计入存货成本（原材料/库存商品），因其属于"使资产达到预定用途的必要支出"。销售环节的运输费则需区分两种情况：控制权转移前发生的作为合同履约成本，最终转入主营业务成本；控制权转移后发生的若构成单独履约义务，则需分摊交易价格并确认运输服务收入。对于代垫运费，因不构成企业成本支出，应通过往来科目核算。

二、业务场景细分

1. 采购代理模式：代发方垫付的运输费若最终由委托方偿付，应挂账"其他应收款"。例如某深圳电子元器件代理商为海外客户代发货物至上海保税区，物流单注明"到付"，该笔DHL国际运费便不应计入代理成本。

2. 经销买断模式：品牌商要求经销商承担区域配送运费时，该费用应计入"销售费用-运输费"。某京东POP店铺数据显示，生鲜类目平均运输成本占售价12%，其中冷链运输费全额计入当期费用。

3. 物流服务商模式：第三方物流企业承接代发业务时，其运输成本应计入"主营业务成本"。顺丰2024年报显示，速运板块单票运输成本1.82元，占营收成本的61%。

三、税务处理要点

增值税方面，取得合规运输发票可抵扣9%进项税额。但需注意：代垫运费若开具代收凭证则不可抵扣；跨境代发涉及EXW条款时，离岸前运输费需缴纳增值税。企业所得税前扣除需满足《企业所得税法》第八条"实际发生且与收入相关"原则，预提未支付的运输费不得税前扣除。某长三角制造业上市公司案例显示，其通过优化运输条款，使可抵扣运费比例提升至83%，年节税超200万元。

实务操作建议：签订代发协议时应明确运输责任条款，建议采用INCOTERMS2020术语；财务核算时建立运费分析台账，区分资本化/费用化支出；税务申报时注意运费发票的品目合规性，避免"运输服务"与"物流辅助服务"混淆。某上市公司内控手册显示，完善的运输费审批流程可使成本归集准确率提升40%以上。