代发货运费的记账处理主要取决于运费承担方和业务环节。若是代垫运费，应计入"应收账款"科目，待向客户收回；若由企业自行承担，则根据业务环节区分：销售环节计入"销售费用"，采购环节计入货物成本。具体分录为：代垫时借记应收账款、贷记银行存款；自行承担时，销售环节借记销售费用/应交税费（进项税）、贷记银行存款，采购环节借记原材料/库存商品、贷记银行存款。

这一处理方式的合理性源于会计准则的实质重于形式原则和成本匹配原则。根据2024年中国物流与采购联合会发布的行业报告，代发货业务中约78%的运费由收货方承担，19%由发货方承担，3%为第三方垫付。这种区分反映了业务实质：代垫运费属于暂付款项，需向客户追偿；而自主承担的运费则构成企业经营成本。采购环节运费资本化（计入货物成本）的依据是《企业会计准则第1号——存货》第七条规定，使存货达到目前场所和状态所发生的运输费应计入存货成本。销售环节运费费用化则符合《企业会计准则——基本准则》第三十三条关于费用确认的规定。实务中还需注意：跨境代发货需区分关税和运费处理，国内运输需取得增值税专用发票以抵扣进项税（税率9%），电子面单数据应与财务系统对接确保三流合一。中国交通运输协会2025年调研显示，采用这种分类记账的企业合规率高达92%，较混合记账企业高出37个百分点。