代收款代发货业务中，增值税的计算需区分代收款项性质：若仅作为资金过桥代付（不垫资、发票直开委托方），则代收款不缴纳增值税；若从中赚取差价或手续费，则需按6%税率计算增值税（一般纳税人）或3%征收率（小规模纳税人）。

这一计算规则源于现行增值税政策对经纪代理服务的界定。根据财税〔2016〕36号文件，同时满足三个条件可免增值税：一是受托方不垫付资金，二是销售方直接将发票开具给委托方，三是仅按实际交易金额与委托方结算并单独收取手续费。典型场景如快递企业代收货款时，若平台仅传递资金且由商家直接开票给消费者，则平台代收部分不计税；但若平台加收服务费，则需就服务费部分申报增值税。实务中需特别注意两类情形：一是无车承运业务中，平台以承运人身份签约并转包运输的，需按9%交通运输服务计税；二是代购业务中赚取差价的，需将差价视为销售收入全额计税。相关操作应留存完整的资金流水记录、三方协议及发票流转凭证，以证明业务实质符合免税条件。税务机关核查时，重点关注资金流向与发票开具对象的一致性，建议企业通过电子台账系统实现交易链的可视化管理。对于跨境代发货业务，还需结合海关申报价格判断是否涉及增值税价外费用。现行政策下，网络平台道路货运企业可代司机开具增值税专用发票，但需按月向主管税务机关报备开票及缴税情况，会员企业则可抵减已代缴税额。物流企业选择简易计税方法的，收派服务可按3%征收率计税，但代收款业务不适用该优惠。