保税仓代发货发票开具需区分货物流向：对境外销售可开具出口发票（免税），对国内销售则需开具增值税普通发票并依法缴税。操作流程包括：①确认商品完税状态；②按流向选择发票类型；③填写运输工具、起运地等物流信息；④保税仓需在发票备注栏标注"保税"字样。商品上架需向海关申报备案，提供原产地证、质检报告等文件，通过跨境电商平台或海关系统完成电子数据对接。

保税仓作为海关特殊监管区域，其发票开具规则源于《中华人民共和国发票管理办法》第十九条明确规定经营方必须应要求开具发票。从税务实操角度看，保税商品具有"境内关外"特性：货物出仓至境外适用出口退税政策，故开具免税发票；转入国内市场则视同进口，需按13%或9%税率缴纳增值税。以上海外高桥保税区为例，其2024年跨境电商零售进口额达387亿元，其中87%订单通过电子发票结算，印证了保税发货开票的合规必要性。物流层面需特别注意：运输工具信息、货物名称必须与海关备案一致，否则可能触发海关查验。商品上架环节则受《跨境电子商务零售进口商品清单》限制，目前清单内共有1478个税号商品可开展保税业务，每单交易限额5000元，年度限额26000元。实际操作中，建议通过"单一窗口"系统同步完成商品备案与税务登记，该平台已实现与全国72个保税仓的实时数据互通。值得注意的是，不同保税区存在政策差异，如海南自贸港保税仓对部分商品试行"即买即提"模式，其发票开具需额外标注离岛免税标识。