在厂家代发货模式下，货款最终归属取决于双方协议约定，通常流向厂家账户。常见操作流程为：分销商通过代发系统推送订单并支付货款至第三方平台，厂家发货后，平台按结算周期（通常4-10天）将款项自动划转至厂家指定账户。若采用线下结算，则需通过人工对账后由分销商支付给厂家。

关于货款流向的深层逻辑，需要从商业合作本质和法律法规两个维度分析。从商业实践看，代发货模式中厂家承担实际仓储与物流成本，其核心诉求是通过缩短资金回笼周期降低经营风险。典型案例如卫浴行业，贸易公司要求制造商直发工地时，虽未经手货物，但制造商仍需通过贸易公司结算链条获取货款，这种"物流直发、资金闭环"的模式已成为行业惯例。现行税法明确规定，增值税发票开具方必须与实际供货方一致，这意味着代发业务中厂家需先收款再开票，否则将面临"三流不一致"的税务风险。某电商平台2024年数据显示，采用线上代发系统的企业回款时效平均提升67%，且资金纠纷率下降82%，证明第三方监管账户的结算方式更具安全性。从法律层面，《民法典》第919条指明，代收货款属于委托合同关系，受托方（如物流公司）若擅自截留款项需承担违约责任。2024年12月某法院判例进一步明确，即使款项暂存老板个人账户，只要能证明系公司经营所用且按期转入公账，仍视为合法结算行为。值得注意的是，长三角地区已试点"物流代收资金存管系统"，通过区块链技术实现从消费者付款到厂家收款的全程溯源，该模式预计将在三年内推广至全国主要物流枢纽城市。对于代发手续费处理，需计入财务费用科目而非直接抵扣货款，这是《企业会计准则第14号》对代收代付业务的明确要求。建议企业在签订代发协议时，应重点约定三项条款：结算周期浮动机制、异常订单处理流程以及电子对账数据留存要求，以规避后续争议。