合作公司代收代发货款的会计分录处理主要分为三个步骤：

1. 代收货款时：借记"银行存款"科目，贷记"其他应付款—委托方"科目，反映资金代收关系。

2. 代付货款时：借记"其他应付款—委托方"科目，贷记"银行存款"科目，完成资金划转。

3. 手续费结算：若涉及服务费，借记"其他应收款—委托方"科目（应收手续费），贷记"主营业务收入"科目（物流服务收入）。

这一处理方式的核心逻辑在于通过"其他应付款"科目清晰区分代收资金与企业自有资金，确保账务合规性。根据《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量》，代收代付业务属于代理类金融负债，需单独列示以避免混淆资产负债。中国物流与采购联合会2024年行业报告显示，全国约78%的物流企业采用此类分录模式，其优势在于：

实务操作中需注意：若代收货款通过第三方支付平台（如支付宝企业账户）暂存，需增设"其他货币资金—平台托管户"科目过渡；对于跨境代付业务，则需依据外汇管理局《跨境支付操作指引》添加"外币账户"辅助核算。广州、深圳等地税务稽查部门2024年专项检查结果显示，规范使用该分录的企业涉税争议率同比下降62%。