外贸公司农产品代发货本身并不违法，但必须符合进出口检验检疫、海关监管、税务申报等法律法规要求。实际操作中需重点关注农产品特殊许可、原产地证明、检验检疫证书等文件合规性，同时确保运输环节符合冷链物流标准。

从法律层面分析，农产品跨境代发货涉及三个核心合规维度：首先是进出口资质，根据《进出口食品安全管理办法》，新鲜果蔬、肉类等农产品需办理进境动植物检疫审批，并提供讲解国官方出具的植物检疫证书。以2024年海关数据为例，全国跨境电商零售进口农产品申报单量达1.2亿票，其中因检疫问题退运的占比约3.7%，主要集中于未申报转基因成分或农药残留超标等情况。其次是税务合规，跨境电商综合试验区允许通过"清单核放"方式申报，但需准确区分一般贸易与跨境电商模式，避免出现低报价格或HS编码误报等风险。最后是仓储物流规范，特别是需要冷链支持的农产品，运输全程需保持-18℃至4℃温区，2025年实施的《跨境电子商务冷链物流操作规范》明确要求每4小时记录一次运输温湿度数据。实际操作中，建议选择具备GSP认证的第三方海外仓，例如深圳某龙头物流企业在北美设立的智能仓储中心，其冷链仓配备自动分拣系统和温控追溯平台，可使农产品运输损耗率从传统模式的15%降至5%以内。值得注意的是，部分特殊品类如新鲜水果种子、珍稀野生菌类等被列入《禁止进出境物品目录》，代发此类商品将直接违反《海关法》第82条。因此合规代发货的关键在于：商品准入筛查、全链路文件留痕、以及选择具备AEO认证的物流服务商合作。