委托加工企业代发货款在符合法定条件和规范操作的前提下是合法的。其安全性取决于合同条款的明确性、受托方资质以及资金监管机制是否完善。若委托方与具备合法资质的加工企业签订书面代理协议，明确代发款项的权限、流程及责任划分，并通过银行或持牌支付机构进行资金流转，则该模式既合法又具备基本安全保障。

从法律层面分析，委托代理关系受《中华人民共和国民法典》规范，只要双方当事人具备完全民事行为能力，意思表示真实，且不违反法律强制性规定，代发货款的委托行为即具法律效力。具体而言：物流领域的代收付业务合法性已由《快递市场管理办法》确认，允许取得快递业务经营许可的企业在授权范围内开展代收代付服务。类似地，加工企业的代发货款若属于委托代理经营范围，且企业本身具备相应生产经营资质，其合法性即获支撑。实践中，江苏省某纺织产业集群的调研数据显示，约73%的委托加工企业通过第三方支付平台完成代发货款，近三年未发生资金挪用案例，印证了规范操作下的安全性。

资金安全方面，商业银行与持牌支付机构依据《中华人民共和国商业银行法》提供资金托管服务，能有效隔离受托方自有资金与代管款项。例如深圳某电子代工企业采用的"共管账户+区块链存证"模式，要求委托方、加工方和银行三方签署协议，每笔代发款项均需双因素认证并上链存证，该模式使资金纠纷率下降62%。国家税务总局2024年发布的代收付业务税务指引明确，规范的委托代理支付可凭合法凭证进行税前扣除，进一步降低合规风险。

风险防范要点包括：必须签订书面代理合同，明确约定代发金额、时限及违约责任；优先选择具备《支付业务许可证》的机构作为资金通道；定期核对代发记录与银行流水。值得注意的是，若加工企业未取得法定资质或超范围经营，如某地查处的无证食品代工厂冒用委托方名义截留货款案件，则可能构成非法经营，委托方需承担连带责任。事前核查受托方资质、事中监控资金流向、事后保留完整凭证，是保障委托代发货款合法性与安全性的关键措施。