日本代发货物的收费标准主要包含头程运输费、仓储费、订单管理费和派送费。头程运输费根据海运或空运方式不同，海运首重100元/公斤，续重13元/公斤；空运按重量阶梯计价，例如1公斤54元，3公斤96元。仓储费按货物体积和存储时长计算，东京、大阪等核心仓月费约15-30日元/立方分米。订单管理费含入库清点（约50日元/件）、出库打包（约80日元/单）等操作。派送费取决于物流商选择，日本邮政、佐川急便等本土快递的收费标准为：1公斤内400-600日元，每增加0.5公斤加收100-150日元，体积重量公式为长宽高(cm)÷5000。

这一收费体系的设计基于日本物流行业的特殊性和跨境电商需求。日本作为岛国，头程运输成本受海运/空运占比影响显著。从中国主要港口到东京港的集装箱海运约需7-10天，费用比空运低60%以上，但大件货物更适用海运的线性费率结构。日本仓储费较高源于其土地成本，东京23区工业用地均价达45万日元/平方米，导致海外仓需精细化SKU管理以提升空间利用率。第三，订单处理费包含的质检环节符合日本JIS标准，例如电子类产品需额外支付300-500日元/件的检测费。派送费采用"体积重量"计费是行业惯例，因日本住宅区道路狭窄，快递车辆装载效率直接影响成本，例如黑猫宅急便对边长超60cm的包裹加收20%附加费。这些收费项目共同构成了符合日本市场特性的物流解决方案。