用货代发货的出口退税计算核心公式为：退税额=（增值税发票金额）/（1+增值税率）×出口退税率。实际操作中需注意货代发票需分国内运输、出口报关费、其他杂费三部分开具，且税点不能全为0税率或免税。

以下从政策依据、计算逻辑和实操要点三方面展开说明：

一、政策依据层面

现行出口退税制度针对增值税和消费税两种流转税，要求货物必须报关离境且收汇。对于使用货代的企业，2022年第9号公告明确规定需提供分项开具的货代发票作为退税凭证。若通过海外仓或FBA发货，其头程运费可纳入进项抵扣范围。

二、计算逻辑分解

1. 基础公式推导：以货值100万、增值税率13%、退税率9%为例，计算过程为100万÷1.13×9%=7.96万。这个结果比简单用货值乘退税率（100万×9%=9万）更精确，因为剔除了含税部分。

2. 成本项确认：国内运输费按9%抵扣，报关服务费按6%抵扣，需与货代协商分别开具。例如10万元运费中，可抵扣额为10万÷1.09×9%=8266元。

3. 风险修正因子：若货值超5000元或使用海外仓，建议采用13%的行业平均退税率计算，比普通货物高4-5个百分点。

三、关键操作规范

1. 单证管理：必须留存报关单（证明货物所有权）、进项发票（显示增值税缴纳）、收汇凭证（支付宝国际版等）三证。深圳某3C卖家因缺失海运提单损失全部退税的案例表明，ERP系统自动抓取物流数据是优选方案。

2. 发票开具时效：广州某企业因用货代抬头报关三年，损失287万退税，凸显用自身公司抬头报关的重要性。建议在货物离境后30日内完成发票开具。

3. 地域差异处理：长三角地区对EXW条款发票审核更严格，需完整标注出厂价等7要素；珠三角则侧重查验物流凭证与报关单一致性。

特别提醒：当前跨境电商B2B出口单票超5000元需通过H2018系统报关，而1210、9810等特殊监管模式适用不同计算方式。建议企业每季度通过"海关HS编码查询"工具核对退税率变动，新开拓中东市场的企业可额外享受2%的地方补贴。