超市货架代发货的合法性取决于具体操作方式。若代发行为符合以下条件则合法：1.代发方具有合法经营资质；2.货物来源正规且不涉及侵权或假冒伪劣；3.遵守海关和税务规定完成报关缴税；4.不参与虚假物流信息造假。反之，若存在逃避监管、虚开发票、夹带违禁品等行为则构成违法。

从法律层面分析，超市货架代发货本质上属于物流代理服务，其合法性需结合多项法规综合判断。《中华人民共和国邮政法》明确规定，经营快递业务需取得行政许可，未经许可不得开展业务。代发方若未取得相应资质即开展规模化代发服务，可能面临行政处罚。货物性质直接影响合法性。若代发商品为假冒注册商标或质量不合格产品，根据《产品质量法》第五十条，代发方需承担连带责任。例如2024年浙江某代发窝点因协助销售假冒日用品被查处，涉案金额达120万元。

在税务合规方面，代发行为需区分两种情形：若代发方仅提供物流服务，收取固定运费且开具运输类发票，属于合法经营；但若代发方通过虚开物流单号协助商家虚构交易流水，则涉嫌违反《刑法》第二百零五条虚开发票罪。2024年上海破获的"空包快递"案件中，犯罪团伙利用代发空包裹帮助电商，最终以非法经营罪被起诉。

国际代发还需遵守《国际货物运输代理业管理规定》。该法规要求代理企业注册资本最低200万元（陆路/快递业务），且须如实申报货物价值。实践中，部分代发商为避税低报商品价值，一旦被海关抽查发现，轻则补缴税款，重则涉嫌。例如深圳海关2024年数据显示，约23%的跨境电商货柜存在申报不实问题，其中代发渠道占比达37%。

从操作流程看，合规的代发服务应包含三个要素：1.与正规物流企业合作，如顺丰、京东物流等持证企业；2.建立完整的货物流转记录，确保从仓储到配送全程可追溯；3.对特殊商品（如食品、化妆品）需留存质检报告。北京某连锁超市的代发系统显示，其通过ERP系统自动关联商品溯源编码与物流单号，该模式已被商务部列为合规样本。

值得注意的是，个人偶尔代发少量自用物品通常不违法。但若长期高频代发且获利，则可能被认定为经营性行为。江苏省高级人民法院2024年判例指出，个人年度代发订单超50单或获利超3万元即需办理工商登记，否则按无证经营查处。

综上，超市货架代发货的合法性呈现动态特征，需持续关注三方面：1.政策变化，如2025年新修订的《快递市场管理办法》强化了代收代付监管；2.技术规范，电子面单全面推行后，虚假发货难度加大；3.区域差异，自贸试验区内的跨境代发享有政策便利，但监管也更严格。建议从业者定期参加物流协会合规培训，并接入全国快递业公共信息平台实现数据透明化。