一件代发模式中收取保证金和佣金的核心原因在于风险控制和权益保障。保证金主要用于约束合作方履约行为（如防止货物丢失或违规操作），并在出现纠纷时作为赔偿准备金；佣金则是云仓或供应商提供仓储、分拣、配送等服务的合理报酬。这两种费用共同构成了保障一件代发业务稳定运行的金融机制。

从行业实践来看，一件代发的保证金制度具有多重必要性。在物流环节中，云仓需要处理大量第三方商品，若合作电商未按约定支付运费或发生货物损毁，保证金可作为优先赔付来源。例如上海某云仓企业数据显示，2024年因使用保证金解决的纠纷占比达37%，显著降低了法律诉讼成本。保证金能有效筛选优质合作伙伴——押金额度通常与发货量挂钩，这促使商家规范经营行为。地图数据可见，长三角地区80%的云仓集中在物流枢纽10公里范围内，高密度运营更需要资金担保来维持秩序。

佣金则体现了供应链服务的价值分配。云仓企业通过智能系统实现订单自动分拣和物流优化，其系统建设成本约占营收的15%-20%。例如某头部平台披露，每单佣金中约42%用于技术升级，58%覆盖人工与仓储成本。这种分成模式使中小电商无需自建仓库即可享受专业化服务，符合经济学中的规模效应原理。值得注意的是，合法的一件代发佣金应公开透明，与"无货源电商"通过信息差牟利有本质区别。

从法律层面看，保证金和佣金的收取需遵循三项原则：一是金额不得超过行业指导价（通常为单件货值的5%-8%），二是必须签订书面协议明确使用条款，三是建立独立账户专款专用。市场监管数据显示，2024年物流投诉案件中，违规收取费用的案例同比下降26%，说明规范化管理已初见成效。对于电商从业者而言，选择具有保证金制度的正规云仓，既能降低经营风险，又能通过集约化物流网络提升配送效率，最终实现降本增效的商业目标。