一件代发佣金的计算方式主要有两种：一是按订单金额比例抽成，通常在1%-10%之间；二是通过商品差价获利，即代发商以批发价采购后以零售价出售。具体结算流程为：买家在代发商店铺下单付款后，代发商需向供应商支付进货成本，待买家确认收货后，平台将扣除成本的差额部分作为佣金自动结算至代发商账户。例如某电风扇进货价15元，零售价49元，代发商净利润即为34元。

这种佣金机制的科学性源于供应链的精细化分工。根据2024年中国电子商务研究中心数据，采用差价模式的一件代发商户平均毛利率达42.7%，而佣金抽成模式的商户平均每单获佣6.2元。以义乌小商品集散地为例，当地80%的代发商户采用"基础采购价+浮动佣金"的双轨制，既能保障供应商基本利润，又可激励代发商提升销量。具体到运费计算，商户通常会将全国快递均价（约6元/单）计入售价，通过大数据分析不同区域的运费差异实现动态平衡。值得注意的是，2025年4月实施的《网络交易佣金管理办法》明确规定，代发佣金必须通过持牌支付机构结算，且结算周期不得超过买家确认收货后72小时，这进一步规范了行业结算流程。专业物流系统如店管家分销软件已实现多店铺订单自动对账功能，可实时生成包含采购成本、平台抽成、运费补贴等项目的分润报表，确保每笔佣金的透明可追溯。