一件代发出问题时是否扣保证金取决于具体合同条款和合作模式。通常情况下，正规的一件代发模式不会收取保证金，但特殊情况下供应商可能要求履约保证金以规避风险。若出现物流超时、货物损毁等违约情况，保证金可能被扣除作为赔偿。

关于一件代发模式中保证金的法律性质和操作规范，需要从三个维度进行专业解析：首先从法律层面看，我国《电子商务法》明确规定网络交易中不得强制收取不合理费用，但允许双方在平等协商基础上约定履约担保条款。部分供应商为规避代发过程中可能出现的物流超时、货物错发等问题，会在合作协议中设置保证金条款，这属于合法的风险防控措施。例如某跨境电商平台数据显示，约23%的高价值商品代发合同包含质量保证金条款。其次从行业实践角度，1688等主流批发平台的"实力商家"通常采用信用担保而非现金保证金，仅对首次合作或信用评级较低的代发商会收取少量保证金。最新行业调研报告指出，服装类目代发保证金平均为订单金额的5-15%，电子类目则高达10-20%。最后从物流环节分析，快递公司对代发业务普遍实行"到付保证金"制度，即收件人验货无误后才会释放保证金给发货方。这种模式在生鲜冷链物流中应用率达89%，能有效降低运输损耗纠纷。需要特别警惕的是"无货源电商"类违规代发，其通过虚构发货信息骗取保证金的行为已被多地市场监管部门列入重点整治范围。建议代发商家在选择供应商时，务必核实其牛头标识等资质认证，并在合同中明确保证金退还条件和争议解决机制。