一件代发厂家通常会收取费用，具体是否安全取决于合作厂家的信誉和合作条款。正规的一件代发厂家会明确收费项目，包括商品采购成本、物流费用、操作费等，这些费用通常在合作前会详细说明。安全性方面，选择有良好口碑和正规资质的厂家可以降低风险。

一件代发厂家收费的合理性主要体现在以下几个方面。厂家需要承担商品的生产、仓储和物流成本，这些费用自然会转嫁到卖家身上。例如，商品采购成本可能按件或按重量收费，通常在0.5元至2元/件或0.5元至1元/斤之间。物流费用则根据配送距离和商品重量计算，一般在2元至10元/单。厂家还可能收取分拣费、入库/出库费、仓储费等，这些费用是为了覆盖其运营成本。

安全性方面，选择正规厂家是关键。正规厂家通常会提供明确的合作条款和收费明细，避免后期产生纠纷。例如，一些厂家会提供包邮服务，运费已包含在商品价格中，卖家无需额外支付。而如果厂家不包邮，卖家需要自行承担运费，这部分费用可以通过提高商品售价来覆盖。厂家还可能提供增值服务，如包装定制、保险等，这些服务虽然会增加成本，但能提升客户体验。

从实际案例来看，淘宝和包牛牛等平台的一件代发模式中，运费通常由卖家承担，但卖家会将运费成本计入商品售价，相当于买家间接支付了运费。这种做法既能吸引买家下单，又能确保卖家的利润空间。例如，某商品的进货价为10元，运费为3元，卖家可以将售价定为15元，其中包含2元的利润。这样既覆盖了运费成本，又保证了合理的利润。

一件代发的安全性还与厂家的供应链管理能力密切相关。如果厂家的库存管理不善或物流延迟，可能导致订单缺货或延迟发货，影响卖家信誉。卖家在选择厂家时，应优先考虑那些有稳定供应链和高效物流体系的合作伙伴。例如，一些大型物流公司如顺丰、中通等，提供详细的一件代发运费报价表，卖家可以根据需求选择最合适的方案。

一件代发厂家收费是常态，但安全性取决于厂家的正规性和合作条款的透明度。卖家应仔细评估厂家的信誉和收费结构，确保合作顺利进行。通过合理计算成本和提高商品售价，卖家可以在覆盖运费和其他费用的保持竞争力的利润空间。