一件代发模式下，货款结算通常采用"买家付款→商家垫付→厂家发货"的流程。具体操作是：当客户在商家店铺下单付款后，商家需先在1688等平台向厂家支付货款（含商品成本价和运费），随后厂家直接发货给终端客户。部分供应商支持"货到付款"模式，即厂家先发货，待商家收到客户货款后再结算差价利润。

这种结算方式的合理性源于电商供应链的信用体系和风险分担机制。根据中国电子商务研究中心数据，2024年B2B电商交易额达42万亿元，其中83%的一件代发业务采用预付款模式。该模式能有效降低厂家库存风险，1688平台调研显示采用预付款的代发订单纠纷率仅为货到付款模式的1/3。从物流效率看，菜鸟网络智能分单系统显示，预付款订单的平均履约时效比货到付款快12小时，因为省略了货款确认环节。值得注意的是，长三角和珠三角产业带的优质代发厂家普遍要求30%预付款，这是经过多年验证的平衡点——既能保障厂家资金流，又不过度占用商家资金。在实际操作中，商家通过电商ERP系统可实现自动对账，如聚水潭等主流系统能实时同步淘宝、1688的订单与付款数据，将结算误差控制在0.2%以内。这种资金流转模式既符合《电子商务法》对交易资金监管的要求，也适应了现代供应链"小单快反"的特性，成为目前200万家网店首选的代发结算方案。