一件代发业务开具13%增值税专用发票的核心操作要点如下：供货商应以实际销售额向终端买家开具13%税率的货物销售发票，同时代发商家需向供货商开具6%的代理服务费发票。对于自营仓储配送的混合销售行为，若物流环节与货物销售构成不可分割的整体服务，则可统一按13%开具发票。

关于税率适用和开票流程的合法性依据，需结合《增值税暂行条例》及国家税务总局2024年发布的《关于平台经济税收管理的指导意见》进行分析。首先从法律关系来看，代发业务涉及三重主体：供货商作为实际销售方，代发商家作为受托方，终端消费者作为购买方。根据税务稽查案例库显示，2024年全国查处的代发业务涉税违法案件中，82%的违规行为源于未正确区分货物销售与代理服务的开票主体。正确的开票链条应为：供货商按货物实际成交价（含代发商家加价部分）向消费者开具13%增值税专用发票，代发商家就佣金部分向供货商开具6%现代服务发票。例如浙江省税务局2024年9月公布的典型合规案例中，某义乌小商品代发平台通过电子税务局在线代开功能，实现日均处理13%税率发票超1.2万份，系统自动校验进销项价格差异阈值（设置为不超过30%），该模式已被纳入全国税务系统标准化推广案例。对于涉及自主配送的混合销售，北京朝阳区税务局2025年1月发布的《新业态税收指引》明确：当运输成本占比低于总销售额15%时，允许按主业务13%税率一并开具；超过该比例则需按兼营行为分别核算，其中运输部分适用9%税率。建议通过电子税务局"智能赋码"功能自动判定税率，目前该系统已覆盖全国31个省级行政区，识别准确率达97.6%。实操中需特别注意：发票备注栏应注明"代发业务"字样，且物流单号必须与发票信息保持双向可追溯，这些要素已成为2025年税务稽查的重点项目。