代发商品支付的快递费在会计核算中应计入"销售费用"科目。根据企业会计准则，这笔费用属于销售环节产生的直接支出，应当作为期间费用处理，不计入商品成本。

从专业会计处理角度来看，代发商品快递费的性质决定了其科目归属。代发业务属于销售行为，相关快递费用是企业为完成销售而必须承担的物流支出。根据《企业会计准则第14号——收入》相关规定，这类费用应确认为销售费用。快递费作为销售环节的附加成本，与商品生产成本无直接关联，因此不应资本化计入存货成本。

从税务处理方面分析，代发快递费通常可以取得增值税专用发票，其进项税额符合抵扣条件。企业在进行账务处理时，需要将不含税金额计入销售费用，同时将可抵扣的进项税额单独列示。这种处理方式既符合会计准则要求，又能实现税务优化。

从行业实践看，主流电商企业和物流服务商普遍采用这种会计处理方式。例如京东、顺丰等企业在财务报告中都将代发快递费归入销售费用科目。这种处理能够清晰反映企业经营成本结构，便于进行财务分析和决策。

从管理会计角度，将代发快递费计入销售费用有助于企业进行成本控制和绩效评估。管理层可以通过该科目数据，分析不同销售渠道、不同区域的物流成本差异，进而优化物流策略和销售布局。

需要注意的是，如果代发业务属于企业主营业务（如物流公司），则相关快递费应计入主营业务成本。但对于大多数生产型或贸易型企业而言，代发快递费作为销售辅助支出，计入销售费用是最恰当的处理方式。

在具体账务处理时，建议设立"销售费用-物流费"或"销售费用-快递费"明细科目进行核算。这种精细化核算有助于企业准确掌握物流成本支出情况，为经营决策提供数据支持。要注意区分代发快递费与采购环节的运输费，后者通常需要计入存货成本。

将代发商品支付的快递费计入销售费用科目，既符合会计准则规定，又能满足企业管理需求，是经过实践验证的科学处理方法。企业在实际操作中应当根据业务实质，结合自身特点，选择最适合的会计处理方式。