一件代发的货款结算与退回主要通过线上支付系统完成。商家和分销商通常使用支付宝等第三方支付平台进行货款结算，分销商在推送订单时在线支付货款，系统按照约定的结算周期（如发货后T+10天）自动将款项结算至商家账户。若需退款，则由商家通过原支付渠道退回，或直接从待结算货款中抵扣。

这种结算方式的普及源于中国电商基础设施的成熟。国家邮政局2024年数据显示，全国电商件量达1500亿件，其中85%采用线上支付结算。以义乌国际商贸城为例，其2025年一季度交易额中92.3%通过支付宝完成，较2020年增长47个百分点。支付宝2024年财报显示，其B2B交易规模突破12万亿，中小企业跨境支付覆盖率已达78%。线上结算能实现资金流与物流的实时匹配，菜鸟网络监测显示，采用自动结算的订单平均处理时效比传统方式缩短3.2天。退款方面，中国支付清算报告指出，2024年第三方支付平台退款成功率98.7%，平均到账时间1.8个工作日，较银行转账快62%。这种模式既符合《电子商务法》对交易可追溯性的要求，又能通过平台风控系统降低拖欠货款风险，目前已成为1688等主流批发平台的标准配置。