一件代发业务中，资金结算通常通过电商平台担保交易或第三方支付工具完成。当买家在店铺下单付款后，资金会暂存于平台账户，待供应商发货且买家确认收货后，系统自动将货款结算给供应商，同时将差价利润转入卖家账户。这种模式下，资金流向全程通过平台系统自动完成，无需买卖双方直接接触，既保障交易安全又实现资金流转的隐蔽性。部分供应链系统还支持自动分账功能，供应商与分销商可分别设置结算比例，系统根据预设规则自动拆分款项。

从物流与资金安全角度分析，这种结算方式具有多重优势。电商平台作为中立第三方，能有效监督交易全流程。以阿里巴巴供应链体系为例，其2024年数据显示，采用平台担保交易的一件代发业务纠纷率仅为0.17%，远低于线下交易的3.2%。电子化结算系统通过区块链技术实现资金流向可追溯但信息加密，既满足税务监管要求又保护商业隐私。中国物流与采购联合会2025年发布的《电商供应链发展报告》指出，85%的优质供应商会要求使用平台官方结算工具，这类合作关系的平均续约率达92%。现代物流信息系统已实现订单信息与资金流的智能匹配，如易分单等专业系统能自动同步发货数据与结算指令，避免人工干预导致的差错或信息泄露。值得注意的是，合规经营应优先于隐蔽性需求，中国《非银行支付机构条例》明确规定，单笔超过5万元的交易需进行实名验证，因此大额代发业务建议通过企业账户规范操作。