一件代发的付费方式主要分为基础服务费和增值服务费两部分。基础费用通常包含仓储费（按存储空间/重量计费）、库内操作费（装卸/分拣/打包等）、配送费（快递物流成本）三项核心支出。增值费用则涉及包材耗材、质检贴标等个性化服务，采用按需计费模式。目前行业普遍采用"全包价"模式（整合基础费用）或"分段计价"模式（各项费用单独核算），前者价格区间通常在5-15元/单，后者根据操作环节浮动在3-20元/单。

这种付费结构的形成源于供应链各环节的成本分摊。从仓储环节看，天津远程云仓等专业服务商的报价显示，常温仓存储费约为0.8-1.5元/天/立方米，恒温仓则高达2-3元，区位因素导致北京、上海等核心城市仓储成本比二三线城市高30-40%。操作环节中，分拣包装的人工成本约占代发总成本的25%，如代发商需进行瑕疵品筛选等精细操作时，分拣费会从常规的0.3元/件升至0.8元/件。配送成本差异最为显著，三通一达的电商件均价为3-5元/公斤，而顺丰特惠件达8-12元，跨境物流头程费用更是达到25-40元/公斤。值得注意的是，1688平台代发服务商普遍采用"运费内含"策略，将实际发生的物流成本折算进商品售价，这种隐性收费模式使得终端消费者感知的包邮价格通常已包含6-8元的平均运费成本。行业数据表明，2024年标准件（0.5kg内）代发综合成本中，仓储占比12%、操作占31%、配送占49%、耗材占8%，这种成本构成解释了为何代发服务商会推出"满10件减3元"等阶梯定价方案。