一件代发电商开具专用发票和电子发票主要有以下几种方式：1.通过支付宝等平台的自然人代开功能，选择"浙江税务"等地区服务，每月可开4次、单次不超过10万元的电子发票；2.让供应商直接开具发票给买家，供应商按实际销售金额开票；3.通过电子税务局在线申请代开，选择增值税专用并填写完整信息，审核通过后可选择邮寄或上门领取；4.对于物流费用部分，可在快递平台小程序中申请开具运费发票，填写企业或个人抬头信息后提交审核。

从税务合规角度分析，一件代发模式涉及三方关系（供应商、代发商、买家），发票开具需遵循"三流合一"原则（合同流、资金流、发票流）。根据《电子商务法》第十四条和《发票管理办法》第十九条规定，电商经营者必须依法开具发票，即使是个人卖家也有开票义务。实际操作中，浙江、成都等地已实现全流程线上代开，浙江省电子税务局数据显示2024年自然人业务量同比增长37%，其中电商相关发票占比达62%。物流发票方面，主流快递企业的电子发票开具系统已实现与税务总局增值税发票管理系统的直连，开具的电子发票具有同等法律效力。对于代发商而言，最合规的方式是建立"受托代销"关系，由供应商按最终售价开票给买家，代发商另开代理费发票给供应商，这样既能满足税务监管要求，又能清晰反映各环节利润。需要注意的是，不同商品适用的增值税税率存在差异，普通商品通常为13%，而物流服务适用6%税率，开票时需准确区分。随着电子发票的普及，建议优先选择电子开具方式，既符合《关于规范电子会计凭证报销入账归档的通知》的要求，又能提升开票效率。