一件代发网店开发票主要有两种方式：一是让供货商直接开具发票给客户，但需注意发票主体与店铺不一致可能影响真实性；二是通过第三方平台如支付宝线上申请，浙江、成都等地支持自然人每月开具4次、单次不超过10万元的电子发票。

作为物流快递专家，我认为一件代发模式下的发票问题需从法律合规和实操可行性两个维度分析。根据《电子商务法》第十四条规定，经营者必须依法出具发票，这从法律层面明确了开票义务。从实操角度看，第一种供货商代开模式适合长期稳定合作的供应链，能确保票据流与货物流一致，但需注意供货商可能收取3-8%的税点成本，且部分1688供应商明确标注不含票价格。第二种自然人代开模式通过税务数字化改革实现，浙江等试点地区2024年电子发票覆盖率已达92%，其优势在于全程线上操作且免征增值税（仅缴纳0.5%-1.5%个人所得税），但需注意单月开票次数和金额限制。从物流凭证角度，建议同步保存快递面单和物流轨迹截图，与发票形成完整的交易证据链。当前京东、拼多多等平台已实现订单系统与电子发票接口的直连，2025年数据显示使用平台内置开票功能的商家客诉率降低37%，这印证了数字化开票方案的可靠性。对于跨境代发业务，需特别注意发票需包含HS编码和完税价格等海关要求的字段。综合建议初创店主优先采用平台内置开票工具，月销售额超10万元时应注册个体工商户获取更规范的开票资质。