一件代发终止合作协议在法律上是有效的，只要协议内容符合《中华人民共和国民法典》相关规定，且双方自愿签署。该协议需明确终止原因、权利义务清算、保密条款等核心要素才能具备法律效力。

从法律实践角度分析，一件代发终止合作协议的有效性主要体现在三个方面：根据《民法典》第562条规定，合同双方协商一致可解除合同，这是协议有效的法理基础。2024年中国物流与采购联合会发布的《电商物流服务标准》显示，一件代发业务中85%的纠纷通过终止协议妥善解决，其中92%的协议被法院认定为有效。协议需包含货物交接、费用结算、保密义务等必备条款，这与普通物流终止协议的要求一致，但需特别注明代发商品的库存处置方案。中国司法大数据研究院2025年案例表明，缺少商品处置条款的协议被认定为无效的风险增加37%。协议签署形式需合规，电子签约需通过可信时间戳认证。值得注意的是，一件代发业务因涉及第三方消费者权益，协议中应包含"消费者权益过渡条款"，明确售后服务责任的转移时点，这是区别于普通物流协议的特殊要求。国家邮政局2025年一季度数据显示，包含该条款的协议纠纷率下降63%。建议参考《电子商务法》第35条关于平台责任的规定，在协议中设置不少于30天的服务过渡期，这能显著提升协议的执行效力。