一件代发是否需要商家付钱取决于具体合作模式：若供应商不包邮，商家需承担运费；若采用包邮模式，运费已计入商品售价由买家间接支付。支付方式通常通过平台自动分账（如1688分账系统）或商家手动垫付后从货款中扣除。

从物流行业实践来看，一件代发的运费承担机制主要受三个因素影响：供应链协议、平台规则和市场惯例。以淘宝为例，90%以上的一件代发商户选择将运费隐含在商品售价中，这既能符合消费者偏好又避免单独计算区域运费的复杂性。阿里巴巴研究院2024年数据显示，采用分账系统的代发订单中，76.3%的运费由商家预先支付后通过商品溢价回收，仅23.7%由供应商直接承担。这种差异源于不同品类的利润空间——服装等高价商品更倾向供应商包邮，而日用百货类因利润率较低多采用商家承担模式。

从法律层面分析，无论运费由谁支付，商家都需对运输全过程负责。根据2024年8月实施的《电子商务物流服务规范》，代发商家需在商品页面明确标注运费承担方，若产生运输纠纷，商家需先行赔付后再向供应商追偿。实际操作中，建议商家在代发协议中约定以下条款：一是明确运费计算标准（按重量/体积/区域），二是确定结算周期（按周/月），三是约定运输延误的赔偿责任。例如发往西藏新疆等偏远地区的订单，通常需要商家额外支付3-8元/单的运费补贴，这部分成本应提前纳入定价体系。

对于支付流程，目前主流有两种方式：一是自动化分账，如1688平台在买家确认收货后，自动将货款拆分为商品成本、运费和利润三部分分别结算；二是手动支付，商家需在供应商发货前通过支付宝等渠道预付运费。值得注意的是，2025年新上线的《网络交易监督管理办法》要求所有代发交易保留完整的运费支付凭证，商家应保存至少2年的物流费用支付记录备查。从风险控制角度，建议月订单量超500单的商家优先选择与提供统一运费结算服务的云仓合作，既能享受批量折扣，又能规避零散支付的管理成本。