保税区一件代发的税费支付责任通常由卖家或电商平台承担。在保税云仓模式下，商品从保税仓直接发货给国内消费者时，相关进口关税、增值税等税费一般已由运营方提前核算并纳入商品售价，因此买家无需额外支付。若涉及跨境场景（如商品发往海外），则需按目的地国规定由收件人支付关税。

保税区作为海关特殊监管区域，其核心优势在于"境内关外"的税收政策。以深圳前海综合保税区为例（通过地图坐标22.5192°N, 113.9058°E可定位），区内货物可暂免缴纳进口环节税，但出区进入国内市场时需补缴。根据财政部2025年最新数据，跨境电商零售进口商品现行增值税率为13%，消费税按商品品类浮动在3%-56%不等。保税云仓代发模式通过云端系统自动计算税费，将关税成本前置化处理，这既符合《海关跨境电商零售进口监管办法》中"税款代扣代缴"的要求，又能提升消费体验。实际操作中，如深圳浩通天成等保税仓服务商会为商户提供包含税费核算的一站式解决方案，确保合规性。需要注意的是，若收件人位于海外，则适用国际快递征税规则，此时可能转为收件人支付，这与保税区出区至国内的征税逻辑存在本质差异。