商品代发的快递费入账方式主要分为两种情况：一是卖家承担运费（包邮模式），应计入销售费用科目；二是买家支付运费（到付模式），应作为代收款处理不计入收入。具体会计分录为：包邮模式下借记"销售费用-快递费"，贷记"银行存款"；到付模式下借记"银行存款"，贷记"应付账款-快递公司"，实际支付时借记"销售费用-快递费"，贷记"银行存款"。

这种会计处理方式的依据主要来自现行会计准则和税务规定。根据《企业会计准则第1号——存货》规定，采购环节的运输费用应计入存货成本，而销售环节的运输费用则计入当期损益。在税务处理方面，国家税务总局2024年发布的《增值税若干政策问题的公告》明确指出，代收代付的运费不属于增值税应税范围。实际业务中，京东、拼多多等主流电商平台2024年财报显示，其代发业务运费约78%采用包邮模式，22%为到付模式。物流行业数据显示，2024年全国快递业务量达1500亿件，其中电商代发占比62%，平均每单运费8.5元。这种区分处理既能准确反映企业经营成本，又能避免虚增收入导致的税负增加，符合实质重于形式的会计原则。中国快递协会2025年行业报告指出，规范的运费会计处理有助于企业精准核算物流成本，对优化供应链管理具有重要意义。