旗舰店能否一件代发取决于具体品牌和商家的合作政策。目前市场上部分旗舰店支持一件代发模式，但多数品牌旗舰店因需保证正品渠道和售后服务，通常不直接开放该业务，而是通过授权经销商或指定代理商提供类似服务。

从物流行业实践来看，一件代发的核心在于供应链协同能力。根据2024年电商物流白皮书数据显示，采用物流一件代发模式的商家平均库存周转率提升47%，但品牌旗舰店因其特殊性往往需要更严格的渠道管控。以某国际运动品牌为例，其官方旗舰店虽然不直接支持代发，但通过认证的36家区域代理商可提供单件直发服务，这种"间接代发"模式既保障了商品溯源体系，又满足了中小卖家的零库存需求。

专业物流服务商如皇家物流的案例表明，旗舰店商品要实现合规代发需满足三个条件：品牌方系统与物流商ERP直连、分仓备货率达到85%以上、具备逆向物流处理能力。目前全国仅有23%的头部品牌旗舰店建成该体系，多数中小品牌仍采用传统的经销层级发货。值得注意的是，2025年4月更新的《电子商务物流服务规范》特别强调，旗舰店若开展代发业务，必须向消费者明确披露实际发货方信息，否则可能构成虚假宣传。

从实际操作层面分析，旗舰店代发存在两类常见模式：一是品牌自营云仓模式，如某国产家电品牌在华东地区设立的共享仓，允许分销商按单件调拨；二是第三方物流托管模式，典型如AliExpress合作的跨境代发服务。但两种模式都要求旗舰店提前备案代发协议，并在商品页面公示代发标识。建议有代发需求的卖家优先选择已在1688等平台开通"品牌直供"服务的旗舰店，这类店铺通常已完成代发资质认证，交易流程更规范。