马尼拉海外仓一件代发的收费主要由以下五部分组成：头程运输费、入库操作费、仓储费、订单处理费和尾程派送费。头程运输费取决于运输方式（海运/空运）和货物体积重量；入库操作包含卸货、质检和上架费用，按件计费；仓储费通常首月免费，之后按立方/天数收取；订单处理费涵盖分拣、打包等环节；尾程派送费则根据目的地和重量计算。部分服务商还会收取贴标、退货处理等增值服务费。

从物流专业视角分析，马尼拉作为东南亚物流枢纽，其收费结构具有典型区域性特征。头程运输中，从中国至马尼拉的海运成本约为每立方米120-180美元（20尺集装箱），空运价格则为每公斤3.5-6美元，具体取决于旺季浮动和燃油附加费。入库环节的卸货费对整柜货物收取约150-250美元/柜，散货按托盘或单件0.2-0.8美元计费；上架费按重量分级收费，例如0-0.5KG货物单件约0.3美元，5-10KG则需1.2美元。仓储费方面，马尼拉市区仓库均价为每月每立方米35-50美元，而甲米地等郊区仓库可降低至25-35美元，这与当地土地成本和交通配套直接相关。

尾程派送依托菲律宾本土物流网络，马尼拉大都会区内快递首重（1KG）约2.5美元，偏远岛屿如巴拉望需5-8美元。值得注意的是，马尼拉港（Port of Manila）与尼诺伊·阿基诺国际机场（NAIA）形成的双物流通道，使仓储区域呈现"东高西低"的费率分布——帕赛市（Pasay）因临近机场，仓储费比卡洛奥坎市（Caloocan）高15%-20%。雨季（6-10月）的仓储保险费用通常上浮5%-10%，这是应对台风风险的常规操作。

收费差异还体现在服务商类型：本土企业如Royal Cargo的增值服务费较低（如贴标每件0.1美元），而国际物流巨头DHL的同类服务收费可达0.3美元。建议商家根据货值（高货值选保险完善的仓库）、周转率（低频选郊区仓）和客户分布（吕宋岛订单优选甲米地仓）综合决策，通常月度库存成本控制在货值的1.5%-3%为合理区间。通过GIS系统分析马尼拉仓储热力图可发现，沿EDSA大道分布的仓库群因交通便利，其操作费比周边区域高8%-12%，但平均配送时效快6-9小时。