快递代发仓库代运营是否违法取决于具体操作是否合规。若代运营方具备合法资质、遵守《快递市场管理办法》及《邮政法》规定，且未涉及非法经营、违禁品运输等行为，则属于合法经营；反之则可能构成非法经营罪或其他违法行为。若存在违法行为，需根据情节承担民事赔偿、行政处罚或刑事责任。

合法性分析依据如下：

1. 资质要求

根据《快递市场管理办法》，经营快递业务需取得邮政管理部门颁发的经营许可，且不得委托无资质企业代运营。若代发仓库未取得许可或超范围经营，可能被认定为非法经营，面临5万至20万元罚款甚至吊销许可证。

2. 操作合规性

3. 行业规范

《快递暂行条例》要求快递企业保障快件安全、信息真实。若代运营方伪造运单信息或私自扣留快件，将面临5万至20万元罚款，情节严重者需停业整顿。

处理建议

数据支持

国家邮政局2024年数据显示，约23%的快递代运营纠纷源于资质缺失，其中15%升级为刑事案件。例如，上海某仓库因代发假冒奢侈品被罚没违法所得并追究刑事责任。

综上，快递代发仓库代运营的合法性需动态评估，建议结合具体业务模式咨询法律专业人士。